Nach einer harten Woche in der Sternenflottenakademie lassen James T. Kirk und seine Freunde in einem der heißesten Clubs von San Francisco Dampf ab. Doch der Spaß hat ein plötzliches Ende, als einer der Kadetten von jemanden angegriffen wird, der anscheinend aus dem Nichts auftaucht. Pille und sein medizinisches Team können dem Kadetten das Leben retten, aber sie entdecken die grauenhaften Folgen des Angriffs.

Währenddessen findet die Sternenflotte heraus, dass es sich bei dem Angreifer offenbar um einen brutalen Serienmörder aus der Vergangenheit handelt – ein geheimnisvolles Wesen, das man den Doktor nennt. Wer ist dieser Doktor und warum ist er zwanzig Jahre nach seinem Verschwinden jetzt wieder aufgetaucht? Auf Drängen von Commander Spock wird Kadett Uhura dazugeholt, um dabei zu helfen, eine geheimnisvolle Botschaft des Doktors zu entschlüsseln. Doch Spock weiß nicht, dass er Uhura dadurch direkt in den Fokus des Killers bringt. Schnell befinden sich Kirk, Uhura und Pille in einem gefährlichen Wettlauf mit der Zeit, um den Killer aufzuhalten, bevor er erneut zuschlagen kann.