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Ende der 60er Jahre spielten einige Biologen mit dem Gedanken, der erste Kontakt mit Außerirdischen fände weniger in Form von kleinen grünen Männchen statt, sondern in der Konfrontation mit Mikroorganismen. Da schätzungsweise 3% aller Mikroorganismen für den Menschen direkt oder indirekt negative Auswirkungen haben, drängt der 36 Jahre alte Bakteriologe und Nobelpreisträger Jeremy Stone den US-Präsidenten ein speziell abgeschirmtes Labor, zur Erforschung derartiger Spezies und zur Dekontamination von Raumfahrzeugen zu genehmigen. Erstaunlich schnell bewilligt der Präsident die Mittel zur Erbauung des "Wildfire"-Labors. Was Stone nicht wissen konnte: Seit den frühen 60er Jahren betreibt das Jet Propulsion Laboratory in Pasadena das sogenannte Scoop-Projekt. Ziel hierbei ist es, außerirdische Organismen per Satellit einzusammeln, um sie dann in Fort Detrick in Maryland hinsichtlich ihrer Eignung als biologische Waffen zu untersuchen.
Als Scoop VII in der Nähe des 48-Einwohner Ortes Piedmont im Nirvana Arizonas abstürzt, bringt er den Bewohnern den Tod. Das militärische Bergungskommando erleidet dasselbe Schicksal. Man vermutet ein außerirdisches Pathogen und gibt "Wildfire"-Alarm. Unter größten Sicherheitsvorkehrungen wird die Raumkapsel in das unterirdische, mehrstöckige Hochsicherheitslabor gebracht. Hier beschäftigt sich ein Wissenschaftlerteam um Stone mit der Isolation des Organismus und der Entwicklung eines Gegenmittels. Ansatzpunkt dafür bieten die beiden einzigen Überlebenden des Piedmonts-Massakers: Was haben ein alter Fuselsäufer und ein Säugling gemeinsam? Persönliche, methodische Fehler und das Verfolgen falscher Spuren, verzögern die Identifikation. Als dann die ersten Dichtungen des Hochsicherheitslabors versagen und sich der Organismus auszubreiten beginnt, wird der atomare Selbstzerstörungsmechanismus aktiviert.
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Mit "Andromeda" zeigte Michael Crichton schon lange vor "Jurassic Park", dass er sich auf das Schreiben von Wissenschaftsthrillerns verstand. Der Roman spielt hauptsächlich in einem hermetisch von der Außenwelt abgeschotteten Stützpunkt und seine Protagonisten haben es nicht mit riesigen Dinos, sondern kleinen Mikroben zu tun. Das setzt der Action Grenzen und gibt mehr Raum für Spekulationen. Trotzdem endet Andromeda mit einem überraschenden Plot.