Die Klosterbibliothek ist nach P. Stanislav Škrabec (1844-1918) benannt. Er war der größte slowenische Linguist des 19. Jahrhunderts und lebte zweiundvierzig Jahre auf Kostanjevica. Die Anfänge der Bibliothek reichen ins 16. Jahrhundert, wenn man die reichen Buchbestände von Sveta Gora berücksichtigt. Als die Franziskaner Sveta Gora verlassen mussten, nahmen sie sie mit sich, zuerst nach Görz und dann nach Kostanjevica. Während der Übersiedlungen ging manches verloren, doch später wurde die Bibliothek wieder aufgefüllt, da sich auf Kostanjevica das Franziskanergymnasium und zwei Jahre des Theologiestudiums schon seit 1821 befand. Wegen des Krieges hörte das Gymnasium mit seiner Tätigkeit auf und wurde 1915 nach Kamnik verlegt.
Die Bibliothek besitzt über 10 000 Bücher. Besonders wertvoll sind etwa 30 Inkunabeln (Frühdrucke). Interessant sind auch Drucke aus der Zeit vom 16. bis 19. Jahrhundert, darunter ist für Slowenen von besonderer Bedeutung die erste, von Adam Bohorič verfasste Grammatik der slowenischen Sprache Arcticae horulae (Winterstündchen) aus dem Jahr 1584 mit einer eingehändigen Unterschrift des Verfassers.
Das Buch wurde 1951 ins Bibliothekregister eingetragen. Seit 1952 ist die Bibliothek wegen der darin enthaltenen Kostbarkeiten ein Kultur- und Geschichtsdenkmal. In den letzten Jahren wurde zusammen mit dem Kloster auch die Bibliothek renoviert.
Online-Katalog der Bibliothek: Spletni katalog Škrabčeve knjižnice